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测个序到底要花多少钱?

2017-09-05 09:04:13 作者:实验万事屋 关注:Whateverysearch 神评论

前几天讲SNP,有个小盆友说测序便宜,干嘛不用测序……



测序公司测的话,是不贵,嗯,十几块钱一个反应吧……对,可那是测序公司啊!


一个测序究竟要多少钱呢?给你们看一个测序前准备的清单哈……



一般看到这个的,只有两个疑问:这特么是啥?这特么又是啥?那我们就需要从一代测序的原理开始讲了。



首先你的PCR产物,需要经过虾碱酶处理,这个是清理消化短片段寡核苷酸的,其实就是把PCR的扩增引物都降解掉,以免影响测序反应。接着用离心柱将DNA纯化出来。



然后用纯化产物作为模板,然后加入BigDye(末端终止的带荧光的ddNTP)、测序引物和扩增试剂,进行测序的扩增。然后把测序扩增的产物,加到测序仪中,进行毛细管电泳。



在前期步骤里,光是抽提试剂盒就46块钱/次……BigDye是4326块/24次,也就是180块/次……测一次序的话,就是200多块钱的试剂费用……


然后,我们看看别的费用:



测序仪不光是机器,还涉及到耗材,大致包括了上面这些。首先是上样板和上样盖,这个其实是一次性的耗材,由于测序会污染,所以都应该是一次性的。关键是毛细管,一代测序的核心技术就是末端终止法及毛细管电泳,这种毛细管也不是一直能用下去的,24道的,也只能用300次反应,用完就需要扔掉。POP胶是填充在毛细管中的凝胶,也用不了多少次……ABC、CBC就是电泳缓冲液,由于是高压电泳,所以这两种缓冲液也消耗得很快。而调节剂主要是用于上样和清洁,避免污染。也就是说200块钱都不够测序,这些缓冲液耗材算下来大概又要100多/次。


其实,实际完全按照ABI的操作的话,做一次测序,耗费大概是毛400块钱……


那为啥?为啥测序公司能十几块钱就测一个序列?


这得益于两点,第一个是BigDye的可稀释……



正常的BigDye的使用是1×的,但是由于BigDye用的是荧光标记的ddNTP,所以可以用dNTP来稀释,就变成了这样:



活活变成了0.5×,但其实BigDye由于荧光强度很强,所以是可以在稀释5~8倍的。那测序公司呢?他们一般是稀释32倍……成本瞬间变成了5块钱每次反应。


第二点是要感谢这台仪器:



ABI3730测序仪,这个机型已经停产了,但是还是活跃在各大测序公司里。为啥,因为这机器里东西吧,都能重复用,毛细管可以重复用,缓冲液都能自己配,那成本基本上就没有了……而且一次上样能跑96个,也就是通量高。其他DNA纯化,用胶回收,酒精沉淀,就又能省很多钱……所以才卖18……

华丽丽的分割线


李莫愁博士:但实际上,ABI现在的一代测序仪已经改得不太友好了,所有试剂都加了射频码,即使没用完,只要一装上机就开始计时了,过期了,就算没用完,也不能运行了……好了,今天就先策到这里吧……


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